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La Universidad de Oxford y Oracle se asocian para acelerar la identificación de variantes de la COVID-19

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Esta asociación permitirá la secuenciación y el examen global de genomas a través de una plataforma especializada, desarrollada en Oracle Cloud Infrastructure, para ayudar a atenuar el impacto de las variantes potencialmente peligrosas de la COVID-19.

La aparición de variantes más infecciosas del virus de la COVID-19 amenaza con enlentecer la recuperación global y posiblemente frustrar la inmunidad de la actual vacuna. Para ayudar a los gobiernos y las comunidades médicas a identificar y actuar sobre estas variantes más rápido, la Universidad de Oxford y Oracle han creado un sistema global de análisis de patógenos (GPAS) que combina la Plataforma Escalable de Canalización de Patógenos de Oxford (SP3) con el poder de Oracle Cloud Infrastructure (OCI). Esta iniciativa se basa en el trabajo de un consorcio financiado por Wellcome Trust que comprende a Public Health Wales, la Universidad de Cardiff y Public Health England.

“Esta nueva y potente herramienta permitirá a los científicos de la salud pública de los centros de investigación, organismos de salud pública, servicios sanitarios y empresas de diagnóstico del mundo entero ayudar a comprender mejor las enfermedades infecciosas, comenzando por el coronavirus”, señaló Derrick Crook, profesor de Microbiología del Departamento de Medicina de Nuffield de la Universidad de Oxford.

“El sistema global de análisis de patógenos ayudará a establecer un estándar común mundial para ensamblar y analizar el nuevo virus, así como otras amenazas microbianas para la salud pública. Ello añade una nueva dimensión a nuestra capacidad de procesar datos de patógenos. Nos entusiasma asociarnos a Oracle para profundizar nuestra investigación mediante esta plataforma tecnológica de punta”.

-Lee más: Tecnología de Oracle en el centro de la vacunación y tratamiento del COVID-19

Usada por primera vez para la tuberculosis, SP3 se ha readaptado para unificar, estandarizar, analizar y comparar datos de secuencias de SARS-CoV-2, con el fin de producir secuencias genómicas anotadas e identificar nuevas variantes y aquellas variantes de preocupación (VOC). La capacidad de procesamiento de SP3 se ha mejorado gracias a un extenso trabajo de nuevos desarrollos de Oracle, que permite un alto desempeño y seguridad, así como una disponibilidad mundial 7x24 del sistema SP3 en Oracle Cloud. El sistema SP3 ahora presentará resultados completos y estandarizados de los análisis de la COVID-19 en pocos minutos tras su presentación a escala internacional. Los resultados se compartirán con países de mundo entero en un entorno seguro.

“La oportunidad de aplicar exámenes sistemáticos a las variantes genéticas en una gama de patógenos reportará grandes beneficios para la salud pública mundial. Este programa, con Oracle como socio, nos aproxima un paso más a esta meta”, señaló Sir John Bell, profesor emérito de Medicina de la Universidad de Oxford.

Junto con las extensas capacidades de machine learning de Oracle Cloud, los científicos, investigadores y gobiernos colaboradores del mundo entero pueden procesar, analizar, visualizar y manejar una amplia colección de datos patógenos de COVID-19 por primera vez. Ello abarca la identificación de variantes de interés y su potencial impacto sobre la eficacia de la vacuna y el tratamiento. Por ejemplo, los paneles de análisis del sistema mostrarán qué cepas específicas se están propagando con más rapidez que otras y si las características genéticas son responsables de aumentar la transmisibilidad y el escape de la vacuna. Hasta ahora, Oxford ha procesado la mitad de las secuencias mundiales de SARS-CoV-2, más de 500 000 en total.

“Hay una necesidad crucial de cooperación a nivel mundial en cuanto a la secuenciación y el examen genómico de la COVID-19 y otros patógenos”, señaló el presidente y director de tecnología (CTO) de Oracle, Larry Ellison. “El sistema SP3 mejorado establecerá un estándar mundial para la recopilación y el análisis de datos de patógenos, lo que permitirá a los investigadores médicos entender mejor el virus de la COVID-19 y otras amenazas microbianas para la salud pública”.

El próximo paso será ampliar este servicio a todos los patógenos, al mismo tiempo que se colabora con científicos de los centros de investigación, organismos de salud pública y empresas privadas para garantizar que este trabajo pueda informar la toma de decisiones respecto a las estrategias de respuesta a la pandemia en el mundo entero.

La plataforma será de uso gratis para investigadores y organismos sin fines de lucro del mundo entero.

Qué opina la comunidad de la salud
“La plataforma SP3 es fruto de las actividades de interacción, diseño y pruebas que se han llevado a cabo en los últimos años por medio de la estrecha colaboración de investigadores de la Universidad de Cardiff y la Universidad de Oxford, Public Health England y el Instituto Europeo de Bioinformática, junto con otras partes interesadas de la salud pública de Reino Unido. Este nuevo sistema global de análisis de patógenos hará posible la colaboración de los científicos para analizar de nuevas maneras un conjunto de datos del mundo entero, lo que brindará un mayor conocimiento sobre las variantes de preocupación del virus y su potencial de propagación”, afirmó el profesor Thomas R Connor, de la Escuela de Biociencias de la Universidad de Cardiff.

La Dra. Isabel Oliver, directora del Servicio Nacional de Infecciones de Public Health England observó: “Esta donación constituye un bienvenido estímulo a la capacidad de compartir datos de secuenciación genómica con colegas del mundo entero. El sólido examen genómico y los datos fácilmente disponibles no solo son cruciales para nuestros esfuerzos colectivos de combate a la actual pandemia, sino que reportarán beneficios continuos para responder contra otros patógenos en el futuro. Ello podría tener un impacto positivo de largo alcance sobre la salud pública internacional y la seguridad sanitaria global. A medida que surgen nuevas variantes de SARS-CoV-2 en el mundo entero, es necesario un esfuerzo de cooperación mundial para responder de forma efectiva. Asociaciones como esta son absolutamente esenciales para garantizar que podamos atenuar el impacto de la COVID-19 sobre la población mundial y que podamos continuar consolidadno nuestra capacidad de hacer frente a las amenazas que surjan en los próximos años”.

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