Wednesday Jun 25, 2014

Genoscope Makes Genomic Data Available to Scientists with MySQL Enterprise Edition

Genoscope, the French National Sequencing Center, was created in 1997 and is one of the largest sequencing centers in Europe. Its mission is to acquire, to "sequence" and to analyze the genetic information of various organisms presenting a scientific, medical or economic interest. DNA sequencing is the process of determining the precise order of nucleotides within a DNA molecule. Genoscope produces various types of data, such as complete or partial genome sequences, that are then compared and analyzed. Following its role as a major actor in the Human Genome Project, Genoscope has changed its orientation toward environmental genomics. Since 2007, Genoscope is part of CEA, the French Alternative Energies and Atomic Energy Commission.



Challenges

  • Make a large amount of scientific data available to biologists worldwide via a database combining performance, ease of use and cross-platform availability.
  • Rapidly and easily deploy new database applications to address the constantly growing needs of genomic analysis.

Solution
  • Genoscope initially relied on Sybase for its database applications but faced a number of constraints, especially in terms of ease of use and administration as well as of cross-platform availability.
  • Evaluation and selection of MySQL as new database standard to eliminate those constraints.
  • About 300 MySQL databases storing 8 terabytes of data have been deployed so far by the sequencing center, including :
    • 250 MySQL databases enabling the scientific community to access genomic data via web applications. Each application is dedicated to a specific type of data, for example "metagenomes" or the comparison of different genomes. The most important one handles over 5 terabytes of data, relying on approximately 30 MySQL databases.
    • About 50 MySQL databases are used for Business Intelligence as well as project management applications.
  • Genoscope relies on MySQL 5.6 for new applications; and on MySQL Workbench for their design and development. Sylvain Bonneval, DBA in the Genoscope systems team underlines "Beyond the performance and ease of use of MySQL, we particularly appreciate the fast pace of innovations delivered by Oracle. MySQL 5.6 integrates numerous very useful new features, and there’s no doubt that tremendous progress is being made with MySQL."
  • MySQL Enterprise Edition was implemented to allow the teams to access Oracle’s MySQL technical support, and to benefit from monitoring tools including the MySQL Enterprise Monitor and MySQL Query Analyzer.

"MySQL allowed us to significantly increase database usage in our organization. It is a tool perfectly suited to public research applications considering both its performance and open source nature." Sylvain Bonneval, DBA, Genoscope

Le Genoscope met les données génomiques à disposition des scientifiques avec MySQL Enterprise Edition

Créé en 1997, le Genoscope - Centre National de Séquençage - est un grand équipement au service de la communauté scientifique. Sa mission est d'acquérir, de "séquencer", et d'analyser l'information génétique de divers organismes d'intérêt scientifique, médical ou économique. Concrètement, le séquençage consiste à déterminer l'ordre dans lequel s'enchaînent les molécules élémentaires qui constituent les molécules d'ADN. Le Genoscope produit des données de nature diverse - séquences entières ou partielles de génomes ou de produits d'expression des gènes - qu'il compare et interprète. Après avoir été l'un des acteurs du projet génome humain, le Genoscope met aujourd'hui le cap vers la génomique environnementale. Depuis 2007, le Genoscope est intégré à l'institut de Génomique du CEA, le Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives.



Défis

  • Mettre un volume important de données scientifiques à disposition des biologistes du monde entier via une base de données alliant performance, portabilité et simplicité d’utilisation.
  • Rapidement et simplement déployer de nouvelles applications de bases de données pour répondre aux besoins croissants d’analyse génomique.

Solution

  • Le Genoscope a initialement utilisé Sybase comme base de données mais faisait face à plusieurs contraintes, notamment en termes de portabilité sur différentes plateformes ainsi que de simplicité d’utilisation et d’administration.
  • Evaluation et sélection de MySQL comme nouveau standard de base de données pour répondre à ces contraintes.
  • Environ 300 bases MySQL contenant 8 téraoctets de données sont déployées par l’institut à ce jour, incluant:
    • 250 bases MySQL utilisées pour mettre les données génomiques à disposition de la communauté scientifique via des applications Web. Chaque application est dédiée à un type particulier de données, par exemple les "métagénomes" ou la comparaison de différents génomes. L’application la plus importante gère plus de 5 téraoctets de données, s’appuyant sur une trentaine de bases MySQL.
    • Une cinquantaine de bases de données MySQL utilisées pour des applications d’informatique décisionnelle et de gestion de projets.
  • Le Genoscope utilise MySQL 5.6 pour les nouvelles applications, ainsi que MySQL Workbench pour leur modélisation et développement. Sylvain Bonneval, DBA de l’équipe système, souligne "Outre la performance et la simplicité d’utilisation de MySQL, nous apprécions particulièrement le rythme des innovations délivrées par Oracle. MySQL 5.6 intègre de nombreuses nouvelles fonctionnalités très utiles et nous constatons à quel point MySQL est une base de données en pleine progression."
  • MySQL Enterprise Edition a été mis en place pour permettre aux équipes de bénéficier de l’accès au support technique MySQL d’Oracle ainsi que des outils de monitoring comme le MySQL Enterprise Monitor et MySQL Query Analyzer.


"MySQL nous a permis de largement accroître l'usage des bases de données au sein de notre organisation. C’est un outil parfaitement adapté aux applications de recherche publique, tant par sa performance que par sa nature open source." Sylvain Bonneval, DBA, Le Genoscope

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